Одно из старейших музыкальных учебных заведений мира, созданное на основании буллы, изданной папой Сикстом V в 1585 году.

Ее название восходит к именам двух наиболее почитаемых святых западной музыкальной культуры: Григория Великого (создателя григорианских хоралов) и Святой Цецилии (небесной покровительницы музыки).

Академия была основана как Конгрегация — своеобразная религиозная гильдия, и через века преобразовалась из локального сообщества музыкантов и композиторов в академию с международным признанием.

Уже на протяжении первого столетия своего существования Конгрегация являлась творческой лабораторией для наиболее выдающихся музыкантов того времени, включая Палестрину. Своей деятельностью она бросала вызов другой значительной музыкальной организации Папского Рима — Сикстинскому Хору. Соперничество касалось права контролировать доступ к музыкальной профессии, музыкальному образованию и публичным выступлениям.

Начало XVIII века было наиболее блестящим периодом существования Конгрегации. Среди музыкантов, связанных с ней в то время, были Арканджело Корелли, Алессандро и Доменико Скарлатти, Никколо Джоммелли. В 1716 году Папа Иннокентий XI издал декрет, согласно которому все музыканты, действующие в Риме, обязаны были быть членами Конгрегации. Во время Наполеоновских войн Конгрегация была закрыта, но уже в 1822 году, через несколько лет после Реставрации, она возобновила свою деятельность. XIX век принес перемены. Организация открыла свои двери для представителей различных категорий артистических профессий: танцоров, поэтов, историков музыки, даже для мастеров музыкальных инструментов и музыкальных издателей.

В 1838 году Конгрегация Санта Чечилия была официально преобразована в Академию, затем — в Папскую Академию. Перечень действующих и почетных членов Академии за этот период включает в себя имена Керубини, Меркаданте, Доницетти, Россини, Паганини, Обера, Листа, Мендельсона, Берлиоза, Гуно, Мейербера и многих других. Из коронованных особ почетным членом Академии была Королева Виктория.

После объединения Италии в Академии был сформирован постоянный симфонический оркестр и хор. Из наиболее значительных преобразований последнего времени можно назвать каталогизацию и перевод в электронный формат музыкальных документов, накопленных в архивах Академии за столетия ее существования. Теперь они открыты для свободного доступа. В Академии существует также музей музыкальных инструментов.